For at kunne gennemføre spunsarbejdet for depotindfatningen effektivt var gode havnefaciliteter nødvendig. Køge Havn havde ikke disse faciliteter til rådighed, hvorfor arbejdet med en forlængelse af Baltic Kaj i Køge Havn blev påbegyndt i 2006.
Arbejdshavnen har et areal på 7000 m². Der er brugt 250 ton stål, og indpumpet 28.000 m³ sand for at etablere Arbejdshavnen.
Forlængelsen Baltic Kaj er af udført med en spunsvæg mod nord, som forlænger den eksisterende kaj med 62 meter. Det meste af den østlige ende af forlængelsen er bygget op, som en skrånende stenmole til at tage kraften af de bølger, der måtte komme ind igennem havneindløbet. Den østlige ende er forberedt til at blive ombygget til en kaj ved at forhøje en allerede spunset væg som ender under vandoverfladen. Mod syd er forlængelsen bygget op som en stenmole men ca. 10 meter fra stenmolen ude i vandet er der rammet rør hvortil arbejdsflåder kan fortøjes.
Indretningen af Arbejdshavnen tog sigte mod en effektiv og sikker håndtering af de ca. 6.000 ton stål i form af spuns, stræk og ankre, der skulle bruges til indramning af depotet. De eksisterende 2 jernbanespor blev forlænget ind på Arbejdshavnen. Parallelt med jernbanesporene og i en bue mod syd blev lagt spor til en mobil tårnkran. Tårnkranen blev således i stand til at løfte stålmaterialerne fra jernbanevogne og lægge dem i depot for igen at løfte og transportere dem ud på flåder.
Arbejdshavnen blev udstyret med skure (kontorer), workshop og en beredskabscontainer.